烟台鲁大基础教育集团办公室下设综合部、对外合作部、基础教育部等部门。

综合部（集团办党支部）：承办集团办公室日常行政事务；负责集团办公室人事管理、资产管理、工程修缮业务的协调、服务、指导和管理等工作；承担集团合作学校、幼儿园党群工作，执行上级党委决定，组织贯彻党的路线、方针、政策，包括党建、群团、党风廉政建设等工作。

对外合作部：负责集团对外合作办学的项目策划、联系、洽谈、实施、建设及项目推进工作；组织实施集团办公室合作学校教师培训、教研及教师招聘工作；负责合作学校的督导、考核评价、教学管理和安全管理；协助集团专家指导委员会开展相关工作。

基础教育部：负责集团各托管学校、幼儿园和相关机构师训教研、保教工作、队伍建设和后勤管理等工作；组织协调对各幼儿园和相关机构的运营状况进行督导、检查和评估；整合基础教育优质资源，依托基础教育研究院开展特色项目教学和科研工作。